Viene eseguita alla 20°-21° settimana di gestazione.

Questa ecografia viene detta morfologica perché è destinata a studiare la morfologia del feto per escludere, o accertare, la presenza di malformazioni.
La si esegue in questo periodo specifico per due ragioni :

1. 1.Il feto è nelle migliori condizioni per essere studiato, in quanto il rapporto fra le dimensioni del feto e la quantità di liquido amniotico è ottimale
   

2. 2.Dopo tale epoca la Legge non permette l'interruzione della gravidanza anche se il feto fosse affetto da gravi malformazioni.
   

L'ecografia morfologica prevede la valutazione delle dimensioni del feto (biometria fetale), dell'impianto e della struttura della placenta, della quantità di liquido amniotico, ma fornisce soprattutto uno studio analitico di tutti i distretti anatomici esplorabili nel feto.
L'ecografista osserva il feto con la maggiore attenzione possibile, visualizzando anche gli organi interni. Di norma vengono studiate le seguenti strutture :

1. •strutture cerebrali con misurazione dei ventricoli laterali, del cervelletto e della cisterna magna. Visualizzazione dei talami, del cavo del setto pellucido, ecc.
   

2. •faccia con osservazione del profilo, delle labbra e del cristallino oculare
   

3. •colonna vertebrale in sezione longitudinale e trasversale
   

4. •torace con osservazione del parenchima polmonare e della posizione del cuore
   

5. •cuore con studio delle 4 camere cardiache, dell'arco aortico, dell'emergenza dei grossi vasi (assi lunghi), della sezione 3 vasi, della frequenza e ritmicità del battito cardiaco fetale. Viene inoltre esaminato il flusso del sangue con il color doppler che consente di individuare con più facilità eventuali difetti interventricolari o di riempimento. Nel caso in cui si riscontrano anomalie o vi sono dei dubbi è opportuno ricorrere all' ecocardiografia fetale, che è lo studio ancora più approfondito del cuore fetale eseguito da un ecografista dotato di particolare esperienza nella cardiologia fetale.
   

6. •diaframma, per accertarne l'integrità, anche se i piccoli difetti a volte possono essere manifesti solo in epoche tardive
   

7. •addome con controllo della chiusura della parete e studio degli organi interni quali lo stomaco, la colecisti, il fegato e l'intestino, l’apparato genito-urinario, con visualizzazione dei reni, della vescica e dei genitali esterni
   

8. •cordone ombelicale con visualizzazione dei tre vasi che lo compongono
   

9. •arti superiori ed inferiori con visualizzazione delle ossa lunghe, dell'asse delle mani e dei piedi
   

10. •indicatori di rischio (markers) di cromosomopatie, che sono dei segni ecografici a carico di vari organi che possono indicare un aumento del rischio di cromosomopatie fetali. Il significato di tali markers è stato valutato in diversi studi ed è possibile fare una valutazione statistica del rischio ad essi associato.
    

11. •si effettua la flussimetria doppler dell’arteria ombelicale, indicatore dell’emodinamica feto-placentare e delle arterie uterine materne, la cui alterazione è un indicatore precoce di disfunzione placentare con possibile susseguente difetto di crescita intrauterina del feto. Lo scopo della flussimetria è quello di individuare precocemente l'alterazione dei flussi sanguigni nel feto che può portare ad una carenza cronica di ossigeno ed a danni anche irreversibili.
    

Come facilmente si può comprendere tale esame dipende in misura quasi totale dall'esperienza e dalla capacità dell'operatore unitamente all'impiego di un ecografo di qualità elevata. Nonostante ciò non tutti i quadri patologici sono diagnosticabili in utero, e ciò dipende anche dall'ecogenicità della paziente (più aumenta lo spessore del pannicolo adiposo meno chiare saranno le immagini), dalla quantità di liquido amniotico e dalla posizione fetale.
Si può comunque affermare che se l'esame viene eseguito a regola d'arte la maggior parte dei problemi malformativi può essere identificata.